Hallo Krissy,
erst mal würde ich abchecken lassen, daß es kein gesundheitliches Problem ist. Es wäre auch eine Möglichkeit, daß sie z.B. aufgrund von Wirbelsäulenproblemen etc. Harn und Kot nicht mehr so lange halten kann, und daß die zeitliche Übereinstimmung mit dem Alleinelassen nur ein Zufall ist.
Vielleicht aber ist die Hündin mit dem Alleinbleiben insofern überfordert, daß sie das Gefühl hat, das gesamte Revier nicht sichern zu können. Sie nutzt den Kot- und Harnabsatz dann als Zeichen für evtl. Eindringlinge, daß dieses Revier bereits besetzt ist, als Markierung.
Laufen denn die Hunde frei in der ganzen Wohnung, haben evtl. noch Zugang zum Garten? Dann würde ich diesen Bereich verkleinern, u.U. erst mal erheblich, damit die Hündin für ein weniger großes Revier verantwortlich ist in Eurer Abwesenheit.
An einen Protest in bezug auf Unsauberkeit bei Hunden glaube ich einfach nicht. Kein Hund verschmutzt den Wohnbereich, um seine Menschen ärgern damit zu wollen. Hier interpretieren viele im Zuge der Vermenschlichung hundlichen Verhaltens einfach zu viel hinein.
Viele Grüße
Antje